In Prozessen der Biotechnologie, z. B. der Herstellung von Impfstoffen sowie bei der Verarbeitung von gentechnisch veränderten Organismen, ist eine strikte aseptische Behandlung des Produktes in allen Apparaten erforderlich.

Selbstentleerende Separatoren, die zur kontinuierlichen Abtrennung von pathogenen und gentechnisch veränderten Mikroorganismen aus Fermentationslösungen eingesetzt sind, müssen Teil eines sterilen und vollkommen geschlossenen Systems sein. Dies bedingt, dass das gesamte Separatorsystem dampfsterilisierbar ist. Sämtliche Anlagenteile wie Fermenter und Aufnahmetanks für die abgetrennten Komponenten werden aseptisch an das System angeschlossen.

Die Sterilisation des Separators erfolgt im Stillstand mit Sattdampf von maximal 127 °C unter einem Druck von bis zu 2,5 bar.